1. Сейчас программа кладет все файлы в один каталог storage. Если
файлов много (в моем примере -- это 50 тыс. файлов), этот каталог
начинает существенно тормозить (копирование маленьких файлов в него
замедляется раз в сто, тестировал на ReiserFS -- м.б. на ext2/3 будет
лучше или хуже -- подозреваю второе). Видимо, имеено смысл создать в
каталоге storage подкаталоги по первым двум-трем буквам, и распихивать
файлы по этим подкаталогам (файл с хешем abcdfg123456 положить в
ab/abcdfg123456 или ab/cdfg123456).

2. Разобраться с обработкой симлинков. Сейчас симлинки на файлы
трактуются как обычные файлы, симлинки на каталоги игнорируются.
Хочется сделать это поведение более гибким и настраиваемым.

3. Добавить разнообразные проверки и защиты от дурака.

4. Добавить опциональную проверку на точное совпадение в случае
совпадения хешей (параноидальный режим).

5. Разобраться с правами на создаваемые каталоги

6. Добавить возможность гибко настраивать, что бэкапить, а что -- нет.
(Желательно в синтаксисе команды find -- наличие команды find2perl
указывает, что сделать это несложно.)

7. Думаю, я много чего забыл :)